内部監査の対象は？

内部監査の対象は、プロセス及び領域です。

プロセスとは、各（工程の）業務。
領域とは、部門です。

この為監査の対象は部門を対象にしようと、各業務を対象にしようとかまいません。

重要なのは、監査を行う対象が、会社にとって、どれだけ重要か、これまでの監査でどのような結果が出ているかが問題になります。

製造部門にラインが10あったら、１～８のラインは重要だが、これまでの監査でたいした指摘は受けていない。
従事している人たちもよく育っている。不良率も限りなく０に近い。

９と１０のラインは、重要だが、これまで監査でメジャーの指摘を数回受けている。従事している人たちもほかのラインと比べて成長性が悪い。不良率が１０％を超えている。

このような状態であれば、９と１０のラインの監査を行った方が会社にとっては有益です。
指導面も出てくるのであれば、製造部門の責任として、製造部門の監査を行うのもいいでしょう。

対象は部門だけではありません。